Der Baubeginn und die Vollendung der Jakobikirche liegen im Dunkeln. 1260 wird sie zum ersten Mal urkundlich erwähnt.
Die Jakobikirche ist im Dreißigjährigen Krieg und vor allem im Siebenjährigen Krieg (1756 bis 1763) schwer beschädigt worden. Die französische Besatzung hatte den Raum als Magazin benutzt und dabei das Innere total ruiniert. Durch die Explosion eines nahe gelegenen Pulverschuppens wurde das südliche Dach zertrümmert und auch das Gewölbe beschädigt. Nur mit Hilfe der reichen norddeutschen Gemeinden konnte die Jakobikirche wiederhergestellt werden.
1833 stürzten Teile des Gewölbes ein. Der Jakobikirche drohte das Schicksal der Kleinen Marienkirche, nämlich zu einer Ruine zu werden. Die Regierung in Arnsberg untersagte die Restaurierung. Die Kirche war baufällig und galt als überflüssig, sollte doch die Jakobigemeinde in die Mariengemeinde integriert werden. Am Ende hat sich die Gemeinde gegen die Regierung und Kirchenbehörden durchsetzen können und 1836 die Baugenehmigung bekommen.
2004 sollte die Jakobikirche aus finanziellen Gründen aufgegeben und in ein Privatmuseum umgewandelt werden. Um das zu verhindern wurde 2005 das Konzept einer Mehrfachnutzung entwickelt: Die Jakobikirche bleibt als Kirche erhalten, sie steht jetzt aber auch als Raum für besondere kulturelle Veranstaltungen zur Verfügung.
An der Finanzierung haben sich neben der Evangelischen Kirchengemeinde Lippstadt vor allem die Deutsche Stiftung Denkmalschutz, die Dr. Arnold Hueck-Stiftung, das Land Nordrhein-Westfalen und die Stadt Lippstadt beteiligt.